Baltijas un Ziemeļvalstu zinātņu akadēmiju prezidentu tikšanās pirmoreiz tika apvienota ar zinātnisku konferenci Rīgā 1999. gada 16.-17. septembrī. Pēc akadēmiķa Jāņa Stradiņa iniciatīvas LZA sarīkoja 7. Baltijas intelektuālās sadarbības konferenci, turpinot tradicionālās pirmskara Baltijas valstu inteliģences sanāksmes.

Šādas sanāksmes, kuras rosināja Tautu Savienības Intelektuālās sadarbības institūts Parīzē (analoga organizācija UNESCO), tika rīkotas, sākot ar 1935. gadu. Šajās konferencēs piedalījās Igaunija, Latvija, Lietuva, Somija, epizodiski arī Zviedrija un Dānija. Pirmais Baltijas intelektuālās sadarbības kongress notika Kauņā (1935. g. 29.-30. oktobrī), otrais - Tartu (1936. g.), trešais - Helsinkos (1937. g.), ceturtais - Rīgā (1938. g. 16.-20. jūnijā, vienlaikus ar "Baltijas nedēļu", ar vislielāko dalībnieku skaitu), piektais - Kauņā (1939. g.), bet sesto konferenci bija paredzēts sarīkot Tallinā 1940. g. 15.-17. jūnijā, vienlaikus ar "Baltijas nedēļu", taču tā nenotika iecerētajā apjomā, jo 1940. gada 17. jūnijā Baltijas valstis varmācīgi okupēja Sarkanā armija.

Baltijas intelektuālās sadarbības konferencēs piedalījās universitāšu mācībspēki, zinātnieki, kultūras un sabiedriskie darbinieki, ministri, vēstnieki, politiķi. Tika aplūkotas visdažādākās, ar zinātni, izglītību, kultūru, politiku saistītas tēmas: zinātniskā sadarbība, augstskolu mācību grāmatas, zinātnieku un studentu sadarbība, saziņas valoda Baltijas valstīs (angļu vai franču?), literatūras un mūzikas apskati, kopīgu žurnālu izdošana, Baltijas institūts un tā darbība, zinātņu akadēmiju dibināšana katrā Baltijas valstī, žurnālā "Revue Baltique" izdošana (1940). Konferencēs referātus nolasīja un diskusijās uzstājās ievērojamas tālaika personības: M. Rēmers, J. Baltrušaitis, A. Pīps, L. Pūseps, L. Adamovičs, J. Auškāps, F. Balodis, E. Blese, A. Švābe u.c.

6. Baltijas intelektuālās sadarbības konferencē 1940. gadā Tallinā bija iecerēts apspriest šādas tēmas: ilgtspējīgas ekonomikas attīstība 2. pasaules kara apstākļos, kultūras apmaiņa, likumdošanas unifikācija nodarbinātības jautājumos; "Baltijas nedēļas" ietvaros bija paredzētas Baltijas farmaceitu, mežsaimniecības speciālistu, pašvaldību darbinieku un ugunsdzēsēju sanāksmes. Taču konferences otrajā dienā - 16. jūnijā sanāksmes pārtrauca, jo Tallinā sāka iemaršēt krievu karaspēks.

 Kopš Baltijas Intelektuālās sadarbības konferenču tradīcijas atjaunošanas 1999. gadā Rīgā, tās organizē zinātņu akadēmijas, un to rīkošana notiek katru otro vai trešo gadu pēc rotācijas principa: Tallinā (2001. gada 15.-16. jūnijs), Viļņā (2003. gada 6.-7.jūnijs), Helsinkos (2005. gada 8.-10. jūnijs), Rīgā (2007. gada 10.-11.oktobris), Viļņā (2010. gada 4.-5. novembris), Tallinā (2013. gada 28.-29. janvāris).

2013. gada 28.-29. janvārī Tallinā notika 13. Baltijas Intelektuālās sadarbības konference, kuras tēma bija „Eiropas Pētniecības telpa un mazās valstis". Tajā piedalījās tradicionālie sadarbības partneri - Igaunijas, Latvijas un Lietuvas zinātņu akadēmiju delegācijas, pārstāvji no Somijas Akadēmijas un no Norvēģijas Zinātņu akadēmijas. Konferenci pagodināja Pasaules mākslas un zinātnes akadēmijas (World Academy of Art and Science) prezidents Ivo Šlaus. Latvijas delegāti referēja par globālo procesu ietekmi uz zinātni mazās valstīs (LZA īst.loc. Andrejs Siliņš), par Baltijas valstu zinātnieku sadarbību prioritārajos virzienos (LZA īst.loc. Andris Šternbergs), par mazāko ES valstu diasporas lomu, saskaroties ar pārmaiņām zinātniskajā pētniecībā (LZA goda doktors Eduards Bruno Deksnis). Tradicionāli konferences laikā tika apbalvoti Baltijas zinātņu akadēmiju 2013. gada medaļu laureāti: Tarmo Soomere (Igaunija), Jevgeņijs Butkus (Lietuva) un Andris Šternbergs (Latvija).

Konferences noslēguma daļā Igaunijas ZA tika sveikta 75 gadu jubilejā (tā dibināta 1938. gada 28. janvārī) un LZA prezidents Ojārs Spārītis ielūdza visus Baltijas intelektuālās sadarbības partnerus uz 14. konferenci Rīgā 2015. gada pavasarī.

(Sīkāka informācija atrodama LZA mājas lapas http://www.lza.lv sadaļā Avīze/Iepriekšējie gadi laikraksta „Zinātnes Vēstnesis" numuros 181 (1999-15), 262 (2003-12), 305 (2005-13), 351 (2007-17), 353 (2007-19), 411 (2010-15), 442 (2013-3)).