Latvijas Zinātņu akadēmijas, Igaunijas Zinātņu akadēmijas un Lietuvas Zinātņu akadēmijas sadarbība sākās 1990.gadā. Par sadarbības oficiālo sākumu tiek uzskatīts 1990.gada 28.jūnijs, kad triju akadēmiju prezidenti Tallinā parakstīja attiecīgu vienošanos. Tallinas tikšanās formāli bija veltīta Baltijas jūras ekoloģiskajām problēmām, un šāda jautājuma apspriešanas iniciatīva nāca no Zviedrijas Karaliskās Zinātņu akadēmijas. Trīs Baltijas valstu akadēmijas un Zviedrijas Zinātņu akadēmija parakstīja protokolu par sadarbību.

"Tallinas apspriede bija pirmais solis Baltijas republiku zinātņu akadēmiju tuvināšanā un to patstāvīgā iziešanā starptautiskajā arēnā, atraisoties no gadu desmitiem ilgušās PSRS ZA aizbildniecības" (Jānis Stradiņš. Latvijas Zinātņu akadēmija: izcelsme, vēsture, pārvērtības. Rīga: Zinātne, 1998, 408.lpp.). Operatīvu informācijas apmaiņu par galvenajiem zinātnes organizācijas jautājumiem, akadēmiju pasākumiem un būtiskiem cita veida lēmumiem uzdeva veikt akadēmiju organizatoriskajām nodaļām un tādējādi draudzīgo attiecību izveidošana notikusi G. Varlamovas, J. Kristapsona un B. Puronas ilggadīgā darba rezultātā.

Laikā starp 1990. un 1995. gadu Baltijas valstu zinātņu akadēmiju delegāciju tikšanās notika katru gadu pārmaiņus Rīgā, Viļņā, Tallinā.

1991. gada 12. novembrī Viļņā Latvijas, Lietuvas un Igaunijas zinātņu akadēmiju prezidenti parakstīja Līgumu par zinātnisko sadarbību un 1995. gada septembrī Tallinnā parakstīja trīspusēju protokolu par īstermiņa zinātnisko apmaiņas vizīšu atbalstīšanu, pielietojot izmaksu sadales modeli (cost-sharing mechanism). Tādējādi, kopš 1996. gada Baltijas valstu akadēmijas realizē zinātnieku apmaiņas vizītes, ik pa trīs gadiem parakstot jaunu sadarbības protokolu (pašreizējais ir spēkā no 2008. -2010. gadam).

Sākot ar 1996. gadu trīs konferencēs piedalījās arī Ziemeļvalstu zinātņu akadēmiju vadītāji. Konferencēs tradicionāli apmainījās ar savstarpējo informāciju par zinātnes stāvokli un reformu gaitu katrā Baltijas valstī, izstrādāja kopīgu taktiku attiecībās ar starptautiskām zinātniskām organizācijām, apsprieda kopīgo zinātnisko programmu izpildes gaitu, utt.

Baltijas valstu zinātņu akadēmiju konferences (1990–2000):

1. Tallina, 1990. gada 26.–28. jūnijs

2. Rīga, 1990. gada 1. novembris

3. Viļņa, 1991. gada 12. novembris

4. Tallina, 1992. gada 16. decembris

5. Rīga, 1993. gada 8. septembris

6. Viļņa, 1994. gada 17. jūnijs

7. Tallina, 1995.gada 14.–15. septembris

8. Jūrmala, 1996.gada 6.–7. septembris (ar Ziemeļvalstu zinātņu akadēmiju līdzdalību)

9. Viļņa, 1997.gada 22.–23. septembris (ar Ziemeļvalstu zinātņu akadēmiju līdzdalību)

10. Tallina, 1998.gada 2.–3. oktobris (ar Ziemeļvalstu zinātņu akadēmiju līdzdalību)

11. Helsinki, 2000. gada 28.–29. aprīlis (ar Ziemeļvalstu zinātņu akadēmiju līdzdalību)

(Sīkāka informācija atrodama LZA mājas lapas http://www.lza.lv sadaļā Avīze/Iepriekšējie gadi laikraksta „Zinātnes Vēstnesis” numuros 14 (1990-12), 28 (1991-14), 44 (1993-1), 57 (1993-14), 76 (1994-13), 99 (1995-15), 118 (1996-14), 140 (1997-16), 162 (1998-17), 198 (2000-11)).

Konferencē 1998.gada oktobrī Tallinā tika nolemts:

* Nākamo Baltijas zinātņu akadēmiju sanāksmi rīkot kopā ar zinātnisku konferenci, organizatoriem izvēloties konferences tēmu;

* Iedibināt Baltijas zinātņu akadēmiju medaļu.